Bệnh viện huyện Phúc Thọ được thành lập ngày 10/4/2006 trên cơ sở tách từ Trung tâm Y tế huyện Phúc Thọ theo Quyết định số 556/2006/QĐ-UBND ngày 31/3/2006 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tây về việc thành lập Bệnh viện huyện Phúc Thọ trực thuộc Sở y tế Hà Tây. Đến ngày 17/10/2008 đổi tên Bệnh viện huyện Phúc Thọ thuộc Sở y tế tỉnh Hà Tây thành bệnh viện đa khoa huyện Phúc Thọ thuộc Sở Y tế thành phố Hà Nội theo quyết định số 1371/QĐ-UBND ngày 17/10/2008 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội về việc đổi tên Bệnh viện huyện Phúc Thọ.

Bệnh viện đa khoa huyện Phúc Thọ có chức năng khám, cấp cứu, chữa bệnh; nghiên cứu khoa học, ứng dụng khoa học, kỹ thuật trong chẩn đoán, điều trị, chăm sóc sức khỏe nhân dân; đào tạo và tham gia đào tạo nhân lực y tế; tham gia phòng, chống dịch bệnh.

Bệnh viện đa khoa huyện Phúc Thọ là bệnh viện đa khoa hạng II tuyến huyện, quy mô 341 giường bệnh, với 18 khoa phòng (04 phòng chức năng, 10 khoa Lâm sàng, 04 khoa Cận lâm sàng). Với cơ sở vật chất khang trang, thiết bị y tế hiện đại; Bệnh viện nằm trong khuôn viên rộng 15.000 m2 với 4 nhà 3 tầng, 1 nhà 5 tầng, 1 nhà 2 tầng và 1 nhà 1 tầng; với nhiều bác sĩ chuyên gia đầu ngành của các Bệnh viện thành phố Hà Nội thường xuyên trực tiếp hỗ trợ chuyên môn tại Bệnh viện; cùng đội ngũ cán bộ chuyên môn của Bệnh viện có chất lượng cao. Hàng ngày, Bệnh viện tiếp đón trung bình từ 450 – 600 lượt người đến khám bệnh, người bệnh nội trú trung bình từ 320 – 380 người bệnh. Số lượng người bệnh đến khám chữa bệnh ngày càng tăng.